В отделе разрабатываются теоретические и методологические основы формирования нового хозяйственного механизма в регионе. К ним относятся: проблемы организации с учетом региональных особенностей хозяйственной деятельности, форм и методов воздействия, экономических стимулов и правовых норм общественного производства; исследование вопросов формирования экономических структур, институтов, форм и методов хозяйствования, посредством которых осуществляется согласование общественных и частных интересов и обеспечивается развитие экономики региона; разработка системы управления экономическими процессами в регионе; исследование проблем обеспечения социально-экономической и экологической безопасности региона; разработка механизма приграничного сотрудничества и интеграции в мировую экономическую систему.